وفي القرن الثامن عشر، خضعت ثمريت لحكم الإمبراطورية العمانية، التي كانت من أقوى الإمبراطوريات في المنطقة. وقام العمانيون ببناء العديد من معالم المدينة، بما في ذلك قلعة ثمريت التي كانت تستخدم للحكم والدفاع. ويعد الحصن مثالاً رائعًا للهندسة المعمارية العمانية التقليدية، وهو أحد أشهر معالم المدينة.

كما لعب العمانيون دورًا مهمًا في تطوير اقتصاد ثمريت. وشجعوا زراعة المحاصيل وإنتاج المنسوجات، مما ساعد على تعزيز التجارة والتبادل التجاري في المدينة. وأصبحت المدينة أيضًا مركزًا مهمًا للتعليم الإسلامي، حيث جاء العديد من العلماء وعلماء الدين إلى ثمريت للدراسة والتدريس.